כמו הרבה רעונות גדולים בהיסטוריה, גם שיטת פילאטיס החלה את דרכה ממש במקרה: בשנת 1914, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, נכלא במחנה הסגר והתחיל לאמן את האסירים במחנה.
ג`וזף הוברטוס
פילאטיס נולד בגרמניה בשנת 1880. בילדותו סבל מאסתמה וממחלה ראומטית. אמו, שהאמינה בחשיבות הפעילות הגופנית, שלחה אותו להתעמל בשיטות שונות, כגון שחייה והתעמלות קרקע. כנער, פילאטיס פיתח עניין בצפייה ובתיעוד של תנועת בעלי חיים בטבע וכן בתרבות ופילוסופיה הלניסטית. תחומי עניין אלה באו לידי ביטוי ברבות השנים בשיטה שפיתח.
בשנת 1912 נדד פילאטיס בתור לוליין עם
קרקס נודד ברחבי אירופה. הוא הגיע לאנגליה, ובשנת 1914, עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, נכלא במחנה הסגר והתחיל לאמן את האסירים במחנה. כאשר פרצה מגיפת השפעת הספרדית, התברר שאחוזי התחלואה והתמותה כתוצאה מהשפעת היו נמוכים באופן משמעותי אצל תלמידיו של
פילאטיס, לעומת אלה שלא התעמלו בשיטתו.
בעקבות כך זכה פילאטיס להערכת השלטונות הבריטיים והוזמן לאמן פצועי מלחמה בבית חולים אנגלי. תקופה זו הייתה משמעותית בפיתוח שיטתו, ובמהלכה פיתח את מיטת הפילאטיס הקפיצית שבה נעשה שימוש גם כיום. המיטה החלה את דרכה למעשה כמיטת בית חולים רגילה, אליה חיבר פילאטיס קפיצים פשוטים, על מנת שיוכל לאמן כמה מתעמלים במקביל מבלי להצטרך להפעיל התנגדות ידנית לתנועתם.
עם תום מלחמת העולם הראשונה שב פילאטיס לגרמניה וסירב להצעה שקיבל לאמן את הצבא הגרמני.
בשנת 1926החליט להגר מגרמניה לארה"ב. בדרכו לארה"ב פגש את קלרה, שהייתה אחות במקצועה, ונשא אותה לאישה. עם הגיעם לארה"ב החליטו ג`וזף וקלרה לפתוח סטודיו לשיטת פילאטיס בניו יורק.
במרוצת השנים החלו ספורטאים, אמני קרקס ורקדנים לגלות את שיטת פילאטיס ואת תרומתה למניעת פציעות. כוריאוגרפים מובילים כגון מרתה גרהאם וג`ורג` בלאנשין אף עשו את השיטה לחלק משגרת האימונים הקבועה של להקותיהם.
בשנים 1934 ו- 1945 פרסם ג`וזף פילאטיס שני ספרים אודות שיטתו:
(Your Health (1934
(Pilates? Return to Life Through Contrology (1945
ג`וזף וקלרה המשיכו לנהל ביחד את הסטודיו שלהם והכשירו תלמידים נבחרים להוראת השיטה. בשנת 1967 נפטר ג`וזף, וקלרה המשיכה לנהל את הסטודיו לבדה עד שנפטרה גם היא בשנת 1971.
לאחר מותם ממשיך דור ה-?Pilates Elders?, אשר הוכשר על ידי ג`וזף וקלרה, לפתח ולהפיץ את השיטה ברחבי העולם.